特别敏感海域制度是国际海事组织主导的海洋环境保护制度,通过规范国际航运活动实现海洋环境保护,与其他相关海洋环境保护制度具有差异性。南海符合特别敏感海域选划标准,从南海争端现存局势看,在南海申请指定特别敏感海域对中国利弊均存,但利大于弊。中国应当在国际海事组织成员国和1974年《国际海上人生命安全公约》缔约国框架内,主动介入菲律宾、马来西亚、印度尼西亚和越南所提特别敏感海域申请,从把握区域环境治理国际话语权及积累政治互信角度出发,采取双边路径与多边路径相结合的方式,以国际海事组织相关法律文件的规定为依据,选择适宜于本国的特别敏感海域制度申请路径及海域管护措施,以维护我国在南海享有的合法权益。